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Construction d’une librairie de séquences du gène 16S rRNA de qualité internationale pour évaluer l’impact des contaminations fécales humaines et non-humaines sur les surfaces de la métropole de Lyon et les eaux de ruissellement

- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : Données de séquençage du segment V4 de du gène de l’ARNr 16S pour les pelotes fécales de 5 mammifères (homme, chat, chien, mouton, campagnol)


- FORMAT : Tableau Excel contenant le descriptif des échantillons, et les tables de contingence.


- CONTEXTE :

Ces données ont été produites dans le cadre des activités de l'OTHU et s'inscrivent dans les travaux multidisciplinaires de BPOE-LEM. Le but est la création d'une base de données de référence du gène 16S rRNA pour pouvoir par la suite identifier les sources de contamination fécale dans la métropole de Lyon. Cette base de données sera enrichie au fil du temps dès de nouveaux échantillons seront obtenus.

Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans.

- LIEU : Métropole de Lyon, Auvergne

- PÉRIODE : 2025-maintenant

Simple

Date (Revision)
2025-04
Purpose

construction d’une librairie de séquences du gène 16S rRNA de qualité internationale

Status
Under development
Owner
  Université Lyon 1 / VetAgro Sup - LEM BPOE - Benoit COURNOYER
France
http://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/spip.php?rubrique1
Author
  CNRS / VetAgro Sup- LEM BPOE - Baptiste LUTON
Author
  VetAgro Sup- LEM BPOE - Wessam GALIA
Maintenance and update frequency
Continual

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0

  • Installations de suivi environnemental

GEMET

  • micro-organisme

  • pollution

  • eau

  • bactérie fécale

theme.OZCAR-Theia.rdf

  • Bacteria and virus abundance

  • Bacteria and virus diversity

Keywords
  • SNO Observil

  • ZABR

Emprises du Grand Lyon et périphériques

  • LYON

  • MARCY-L'ETOILE

Use limitation

Accord de réutilisation de données en accès privé et exclusif

Access constraints
Copyright
Use constraints
Other restrictions
Other constraints

Accessibles aux membres de l'OTHU et/ou sous convention

Spatial resolution

No information provided.
Language
Français
Character set
UTF8
Topic category
  • Environment
  • Inland waters
Begin date
2025-01-01
Description

LYON

Description

LYON

N
S
E
W
thumbnail


Description

LYON

Distribution format
  • txt/csv ( )

OnLine resource
Licence Ouverte ( WWW:DOWNLOAD-1.0-http--download )
OnLine resource
OTHU site web ( WWW:LINK-1.0-http--related )
Hierarchy level
Dataset

Conformance result

Date (Publication)
2010-11-23
Explanation

Non évalué

Pass
No
Statement

producteur: UMR LEM - BPOE. Des ADN des pelotes de fèces ont été extraits et envoyés à séquencer par novogene pour la région V4 de l'ARNr 16S. Les tables de contingence ont ensuite été réalisées. Les séquences sont assignées taxonomiquement et le nombre d'asv pour chaque échantillon est compté.

File identifier
49ca99a7-6e54-48f8-ac75-a15116f1a308 XML
Metadata language
Français
Character set
UTF8
Hierarchy level
Dataset
Date stamp
2026-02-16T12:51:13
Metadata standard name

ISO 19115:2003/19139

Metadata standard version

1.0

Point of contact
  OTHU - Nicolas WALCKER
Villeurbanne , 69100 , France
http://graie.org/othu/index.htm
 
 

Overviews

Spatial extent

N
S
E
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Keywords

GEMET
bactérie fécale eau micro-organisme pollution
GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
Installations de suivi environnemental
theme.OZCAR-Theia.rdf
Bacteria and virus abundance Bacteria and virus diversity

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