Projet CABRRES: Caractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique, spatio-temporelle des contaminantes des bassins de retenue des eaux pluviales urbaines (2012 à 2017); évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés: - Identification des sources des contaminants - Développement d'un modèle hydrodynamique - Caractérisation biophysico-chimique des zones de contamination - Caractérisation écotoxicologique des mêmes échantillons - Etablissement de corrélations entre tailles des particules et agents

Suivi de la microbiologie au sein des sédiments et/ou des eaux de surface sur les sites de l'OTHU; estimation de la concentration en bactérie: - suivi bactéries hétérotrophes totales, bactéries bio-indicatrices de contamination fécale, Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas caviae... - étude relation avec la physico-chimie (pH, conductivité électrique, turbidité, O2, ORP) - quantification bactéroidales, charge bactérienne et intégrons (classe I, II, III) par PCR quantitative Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), BV Yzeron (Ratier, Mercier, Chaudanne), sites satellites (Minerve, Raquin, Feyzin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)

- Description générale : données d'évaluation de l'infectiosité des communautés microbiennes issues d'eaux de surface du BV Yzeron sur des cellules d'épithéliums pulmonaires (suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire, données de cytométrie et microscopie). Les eaux de surface ont été analysées en terme de paramètres physicochimiques. Des données sur la qualité microbiologique des eaux de surface ont également été produites par qPCR et dénombrement IDEXX. - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données ( ADN, dénombrement IDEXX, eaux de surface - physico-chimie, suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire/intégrité cellulaire, données de cytométrie) - contexte: Développement de tests rapides sur épithéliums pulmonaires afin de caractériser le degré d'infectiosité de microorganismes d'eaux de surfaces. Ce test a été développé et appliqué aux eaux de surface BV Yzeron et permet de faire le lien entre le degré de pollution chimique et l'infectiosité des communautés du milieu. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: novembre 2023

Campagnes de suivi de la microbiologie des sédiments et des eaux de la rivière Chaudanne sur le site de Grézieu-la-Varenne depuis 2013: - Analyses des eaux en amont, aval et au sein du DO ainsi qu'en réseau unitaire - Analyses métagénomiques au niveau des eaux de surface, des sédiments benthiques et eaux hyporhéiques - Suivi des bactéries pathogènes - Microbiologie du modèle P.aeruginosa, du modèle A.caviae, des bactéries hétérotrophes et des bio-indicateurs de contamination fécale - PCR quantitative pour évaluation de marqueurs permettant la quantification de pathogènes au cours de campagnes nycthémérales - PCR quantitative pour évaluation d'un marqueur permettant la quantification de la présence d'intégrons (classe I, II, III et classe I "clinique")

Evaluation de l'effet d'invertébrés (vers tubificidés) sur la dynamique des nutriments dissous, des activités microbiennes et de la composition chimique des sédiments en colonnes expérimentales. Sites: IUT, Minerve, Granges Blanches, Django-Reinhardt, site témoin -Balan- Collecte de sédiments et mise en place de colonnes expérimentales (6 colonnes par sédiment - 3 avec des vers tubificidés et 3 sans vers tubificidés) Mesures réalisées : - Dynamique des nutriments (NO3, NO2, NH4, PO4) et du carbone organique dissous dans l'eau en contact avec les sédiments - Analyse de deux gaz à effet de serre (CO2 et CH4) - Analyse des teneurs en carbone organique, azote et phosphore dans les sédiments - Analyse de la réponse écophysiologique des vers aux différents sédiments (mesures des réserves énergétiques et des indicateurs de stress oxydatif) - Analyses tomographiques (scanner médical) pour évaluer la bioturbation (création de galeries) par les vers tubificidés

Données produites depuis 2016 dans le cadre de l'OTHU pour le suivi des paramètres météorologiques. Station météo:Campbell SCI CR310. Paramètres suivis: température, humidité de l'air, ensoleillement, vitesse et orientation du vent et pluviométrie (depuis 2016)

Expérimentation en laboratoire sur deux crustacés sentinelles des eaux de surface (Gammarus) et des eaux souterraines (Niphargus) exposés à des eaux provenant de différentes eaux provenant du site de Django-Reinhardt (Chassieu) Mesures réalisées sur les organismes après exposition des organismes : Dosage des réserves en triglycérides, glycogènes et protéines Analyse du métabolome (sucres, acides aminés, ...)

Etude de l'évolution et de la variabilité des quantités et de la qualité des eaux urbaines en temps de pluie sur la dernière décennie – Capitalisation des chroniques de l'OTHU (projet CHRONOTHU - ZABR)- 2015 Ce projet vise à étudier la tendance d’évolution à long terme de variables caractérisant la quantité et la qualité des eaux transitant dans le milieu urbain. Il est basé presqu’exclusivement sur les données collectées et mesurées sur plus de 10 ans dans l’OTHU sur le site de Chassieu, Ecully et Yzeron (Bassin La Léchère)

Evaluer l’exposition des populations avoisinantes et des opérateurs du bassin à des bioaérosols bactériens. Etude de la formation bioaérosols en amont du bassin, dans le bassin et en aval en fonction de la saison (4 saisons), de la vitesse du vent (fort vent, peu de vent), et des activités anthropiques (brassage des sédiments, sans brassage). Description de la donnée : - méthodes cultivables : concentrations des bactéries totales cultivables, des entérocoques, des coliformes totaux, E. coli, Nocardia genre. - NPP PCR pour les deux pathogènes opportunistes A. caviae et P. aeruginosa. - Extractions d’ADN et PCR : entérocoques, A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia genre, N. farcinica, N. cyriacigeorgica - Séquençage massif 16S et tpm

Suivi des nombreux paramètres relatifs au bassin de rétention et au bassin d'infiltration: - Quantité et qualité des effluents à l'entrée et à la sortie d'un bassin de rétention - Niveau et qualité de la nappe phréatique - Pollution des sédiments du bassin de rétention - Suivi faunistique et floristique du bassin d'infiltration - Capacité d'infiltration du bassin d'infiltration - Paramètres météorologiques - ...