Mise à jour et interprétation des banques de données métagénomiques issues de séquençage massif afin d'obtenir une image de la communauté microbienne des eaux de ruissellement, de la nappe et/ou des sédiments Analyse qualitative des communautés bactériennes présentes dans le milieu (métataxogénomique) Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), sites satellites (Feyzin, Minerve, Raquin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)

Evaluer l’exposition des populations avoisinantes et des opérateurs du bassin à des bioaérosols bactériens. Etude de la formation bioaérosols en amont du bassin, dans le bassin et en aval en fonction de la saison (4 saisons), de la vitesse du vent (fort vent, peu de vent), et des activités anthropiques (brassage des sédiments, sans brassage). Description de la donnée : - méthodes cultivables : concentrations des bactéries totales cultivables, des entérocoques, des coliformes totaux, E. coli, Nocardia genre. - NPP PCR pour les deux pathogènes opportunistes A. caviae et P. aeruginosa. - Extractions d’ADN et PCR : entérocoques, A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia genre, N. farcinica, N. cyriacigeorgica - Séquençage massif 16S et tpm

Campagnes de suivi de la microbiologie des sédiments et des eaux de la rivière Chaudanne sur le site de Grézieu-la-Varenne depuis 2013: - Analyses des eaux en amont, aval et au sein du DO ainsi qu'en réseau unitaire - Analyses métagénomiques au niveau des eaux de surface, des sédiments benthiques et eaux hyporhéiques - Suivi des bactéries pathogènes - Microbiologie du modèle P.aeruginosa, du modèle A.caviae, des bactéries hétérotrophes et des bio-indicateurs de contamination fécale - PCR quantitative pour évaluation de marqueurs permettant la quantification de pathogènes au cours de campagnes nycthémérales - PCR quantitative pour évaluation d'un marqueur permettant la quantification de la présence d'intégrons (classe I, II, III et classe I "clinique")

Projet CABRRES: Caractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique, spatio-temporelle des contaminantes des bassins de retenue des eaux pluviales urbaines (2012 à 2017); évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés: - Identification des sources des contaminants - Développement d'un modèle hydrodynamique - Caractérisation biophysico-chimique des zones de contamination - Caractérisation écotoxicologique des mêmes échantillons - Etablissement de corrélations entre tailles des particules et agents

Suivi de la microbiologie au sein des sédiments et/ou des eaux de surface sur les sites de l'OTHU; estimation de la concentration en bactérie: - suivi bactéries hétérotrophes totales, bactéries bio-indicatrices de contamination fécale, Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas caviae... - étude relation avec la physico-chimie (pH, conductivité électrique, turbidité, O2, ORP) - quantification bactéroidales, charge bactérienne et intégrons (classe I, II, III) par PCR quantitative Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), BV Yzeron (Ratier, Mercier, Chaudanne), sites satellites (Minerve, Raquin, Feyzin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)